Bago pa man bumalik sa sariling bayan si Jose Rizal noong Oktubre, 1887, marami ng kasawiang dinanas ang kanyang mga kamag-anakan at kaibigan dahil sa pagkasulat niya ng Noli Me Tangere. Nang mga panahong yao'y nagdaranas din ng suliranin sa lupa ang mga magsasaka ng Calamba. Ito ay kanilang inilapit kay Rizla na humingi naman ng tulong ang pagdinig sa kaso ng problema sa lupa, napasabay pa sa pagdinig ng kaso ni Rizal ukol sa pagpapalathala ng tinaguriang "Makamandag" na babasahing Noli Me Tangere. Maraming mga tuligsa at pagbabanta ang tinanggap ni Rizal. Ang kanyang pamilya ay giniyagis din ng mga maraming paggigipit.
Sinimulan ni Rizal ang Nobelang El Filibusterismo sa harap ng karanasang ito. Magkakabisa sa kanya kaipala ang mga sakit ng loob na dinanas niya at ng kanyang pamilya. Bagaman may mga palagay na may plano na si Rizal para sa ikalawang nobela, naiba ito ng mga pangyayaring kinasasangkutan niya sa pagbabalik sa sariling bayan. Tuwiran at di-tuwiran, naapektuhan ito ng wala pang anim na buwang pagkamalas niya ng kasamaang ginagawa ng mga pari, katulad ng "pagpapayaman sa kanilang mga asyenda, pang-aakit sa mga babae, panggulo, pagliligpit sa mga kaaway atbp."
Nilisan ni Rizal ang Pilipinas noong Pebrero 3, 1888 dahil sa pangamba niyang manganib ang buhay ng mga mahal sa buhay. Katakut-takot naliham ng mga pagbabanta na karamihan ay walang lagda ang dumating at ipinayo ng gobernador na bumalik siya sa ibang bansa. Ani Rizal sa isang sulat na ipinadala niya kay Blumentritt habang naglalakbay.
"Lahat ng mga punong panlalawigan at mga arsobispo ay naparoon sa Gobernador Heneral araw-araw upang ako'y ipagsumbong. Ang buong ahente ng Dominiko ay sumulat ng sumbong sa mga alaklde na nakita nila akong lihim na nakikipagpulong sa mga babae at lalaki sa itaas ng bundok. Totoong ako'y naglalakad sa bundok kung bukang liwayway na kasama ng mga lalaki, babae at bata upang damhin ang kalamigan ng umaga ngunit laging may kasamang tenyente ng guwardiya sibil na marunong managalog...
Inalok ako ng salapi ng aking mga kababayan para lisanin ang pulo. Hiniling nila ang mga bagay na ito hindi lamang sa aking kapakanan kundi sa kanila na rin sapagkat marami akong kaibigan at kasalamuha na maaaring ipatapon kasama ko sa Balabag o Marianas. Dahil dito kahit may kaunting karamdaman, ako'y dali-daling nagpaalam sa aking pamilya."
Hindi nagwakas sapaglisan ni Rizal ang suliranin. Ang kanyang pamilya ay inusig. Umakyat ang kaso sa lupa ng mga Mercado-Rizal hanggang Kataastaasang Hukom ng Espanya. Maraming kamag-anakan niya ang namatay at pinag-usig. May isa pang tinanggihanng mapalibing sa libingang katoliko. Sa gitna ng mga pag-aalalang ito, giniyagis si Rizal ng mga personal at politikal na suliranin; nangungulila siya kay Leonora Rivera at waring walang lasiglahan ang inspirasyong dulot ng paniningalang-pugad kay Nellie Bousted; sinagot niya ang kabi-kabilang tuligsang tinamo ng Noli Me Tangere; namatayan siya ng dalawang kaibigan at mababa ang pagkilalang iginawad sa kanya ng mga kasama sa Kilusang Propaganda. Bukod dito'y dumanas si Rizal ng suliranin sa pananalapi. Naisawalat ni Rizal ang kanyang paghihirap sa isang liham na ipinadala kay Jose Maria Basa:
"Ako'y nanghihinawa na sa paniniwala sa ating mga kababayan. Parang sila'y nagkakaisa upang maging mapait ang aking buhay; pinigilan nila ang aking pagbabalik, nangangakong bigyan ako ng tustos, at pagkatapos na gawin sa loob ng isang buwan ay kalilimutan nang muli ako... Naisanla ko na ang aking mga alahas, nakatira ako sa isang mumurahing silid, kumakain ako sa mga pangkaraniwang restawran upang makatipid at mailathala ko ang akong aklat. Hindi naglaon iyon, ititigil ko kung walang darating sa aking salapi. A, sasanihin ko sa iyo kung hindi lamang ako naniniwalang may mga mabubuti pang Pilipino, nais kong dalhin ang aking mga kababayan at ang lahat sa demonyo..."
Sa kabutihang palad, nang mauubos nang lahat ang pag-asa ni Rizal, dumating ang hindi niya inaasahang tulong ni Valentin Ventura mula saParis. Ipinadala niya ang kabuuang gugol sa pagpapalimbag ng aklat matapos mabalitaan ang pangangailangan ni Rizal sa salapi.
Natapos limbagin ang aklat noong Septyembre 18, 1891 sa Ghent, Belgium. Inihandog ni Rizal ang nobela sa alaala ng mga paring sina Gomez, Burgos at Zamora.
Ang pagkahandog na ito sa tatlong paring martir ng ikalawang nobela ni Rizal ang pangunahing dahilan kung bakit ito ay itinuturing na isang nobelang pilitikal. Nalalahad dito sa isang malatalaarawang pagsasalaysay ang mga suliranin ng sisteman ng pamahalaan at ang mga kaakibat na problema: problema sa lupa, pamamahala, pamamalakad ng relihiyon at edukasyon, katiwalian atbp. Tuwiran at di - tuwiran, masasalamin din ang mapapait na karanasang gumiyagis kay Rizal sa ilang mga eksena at yugto ng nobela.
Masagisag at malarawan ang ebolusyon ni Simoun mula kay Crisostomo Ibarra, bagaman hindi maiiwasang makilala ang mga kapaitan at kabiguan sa paraang hindi maipagkakamaili--kasama na pati ang pangungulila at pag-aasam sa pag-ibig.
Sa El Filibusterismo, ipinakilala ni Rizal ang isang pagbabanyuhay niya bilang nobelista.
